أثارت عملية "درع الفرات" للجيش التركي إنشقاقاً في صفوف المعارضة السورية فيما إنضمت عدة فصائل إلى معركة  تحرير مدينة جرابلس من تنظيم "الدولة" بتنسيق مع القوات التركية ولكن عدد من قادة الفصائل والشخصيات الدينية رفضوا التعاون مع أنقرة. من جانبه انتهز الجيش السوري الفرصة السانحة له لتقدم على بعض جبهات وخاصةً في حلب.

ومن أهم المعارضين للتعاون مع تركيا "جبهة فتح الشام" (سابقاً "جبهة النصرة"). وجاء في بيان نشره الجماعة 23 سبتمبر: "نرى حرمة القتال في الريف الشمالي تحت أي طرف إقليمي أو تحالف دولي، لا على جهة الاستعانة، ولا من باب التنسيق معه لأن واقع الحال ليس استعانة، ولعدم توفر الشروط الشرعية اللازمة في هذه الحالة".

ألقى موقف "جبهة فتح الشام" دعماً في صفوف مقاتلين أهم حليفها في شمال سوريا "حركة نور الدين الزنكي". من ناحية ثانية، انتهك أحد قادة الحركة علي قيلوني أمر القيادة وذهب هو وجماعته إلى جرابلس للقتال تحت إشراف الضباط الأتراك والأمريكيين.

من جانبه منح المجلس الشرعي في محافظة حلب بالتعاون مع تركيا. ونشر المجلس بياناً قائلاً: "المجلس الشرعي في محافظة حلب يؤكد أن مشاركة الثوار في معركة درع الفرات مع تركيا "المسلمة" هو جهاد شرعي، وعلى بصيرة، وليس فيه أي مخطور، وأن من قُتل منهم ضد داعش و "قسد"، مخلصاً لله، نحسبه عند الله شهيداً".

جدير بالذكر أن يتجاهل البيان مشاركة الجنود الأمريكيين في العملية. وقد أثار وصول الرتل الأمريكي إلى مدينة الراعي غضب المقاتلين وحتى الإشتباكات بينهم حيث كانوا الأمريكيين مضطربين على رجوع إلى الأراضي التركية.

كما هزت قضية التعاون مع تركيا "حركة أحرار الشام" أحد من الفصائل السورية الكبرى. أعلنت الحركة بعد إبتداء هجوم القوات التركية دعمها له ولكن بعد مرور عدة أيام أعلن قائد "لواء مجاهدون أشداء" أبو اليقظان المصري إستقالته من الحركة.

كانت نتيجة الخلافات بين المعارضة إنتقال الجيش السوري إلى تقدم وإذ نجح الجيش في تطوير هجومه فستجد الفصائل المعارضة نفسها في خطر الهزيمة ليس في حلب فقط وحسب بل في كافة الأراضي السورية.